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El tratamiento dependerá del número y el tamaño de las verrugas. Algunos sustancias locales y medios de destrucción local (como láser o crioterapia) suelen ser efectivos cuando las verrugas son muy pequeñas, son pocas y no afectan el interior del ano o recto.
Cuando las verrugas son muy grandes o afectan el interior del ano suele ser necesaria la cirugía para extirparlas, incluso en ocasiones puede realizarse más de una intervención.
El tratamiento suele ser efectivo, pero en 20-30% de los pacientes luego de 4-6 meses pueden aparecer nuevas lesiones, ya que el virus suele permanecer en la piel y mucosas.
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